Самата концепция на лентата "Фицкаралдо" е достатъчно трудна и сложна, но снимачният процес на филма все още е известен в историята на киното като един от най-трудните за всички времена. Режисьорът Вернер Херцог е решен да използва истински 320-тонен кораб в сцената, в която плавателния съд трябва да бъде влачен нагоре по хълм, вместо да избере за снимите негово миниатюрно копие, както му предлагат от студиото. В крайна сметка, за да сеосъществи артистичната визия на Херцог, за снимките са наети много хора, които наистина да извлачат огромния кораб до върха на стръмния хълм. Резултат от това са десетки хора със сериозни наранявания и няколко актьори и води до решениеро на някои от актьорите да напуснат продукцията. Мик Джагър трябва да има поддържаща роля във филма, но той се оттегля от снимките, принуждавайки режисьора да заснеме отново всички сцени с участието на Джагър, като използва негов заместник.