5 години след като се сдобиват с първото си дете, Натали и Бен решават, че е време за още едно. Дъщеря им се казва Амалия. Майчинството продължава да вдъхновява Натали да избягва да дава оценки за житейските избори на другите хора. Тя продължава да смята, че родителството е личен избор и вярва, че няма правила, които да определят дали си добра майка или не. За някои хора е най-добре да се върнат на работа възможно най-скоро; за други е най-добре да се откажат от кариерата си за известно време.
Кариерата и семейството са най-важните неща в живота на Натали. Въпреки че се опитва да скрие децата си от публичното внимание, тя и съпругът ѝ все пак са известни личности. През 2018 г. Портман успява отново да работи със съпруга си на снимачната площадка на филма „Vox Lux“ – преживяване, което актрисата определя като „забавно“. Според нея съпругът ѝ знае кои са нейните силни и слаби страни в танците и това им е помогнало да създадат хореографията безпроблемно и бързо.