София Вергара се омъжи за своята гимназиална любов Джо Гонзалес, когато е само на 18 години. През следващата година им се ражда дете. Но връзката им не продължава дълго и през 1993 г. те се разведоха. След това Вергара се сгоди за Ник Льоб, но и от тези взаимоотношения не излезе нищо. Двамата разтрогнаха годежа си през 2014 година. През същата година Вергара се запознава с актьора Джо Манганиело. Те се сгодиха 6 месеца след като се запознаха и оттогава са неразделни.