Ранното детство на Агилера e смутно. Баща ѝ, сержант от армията на САЩ, често е бил агресивен, особено към майка ѝ. Поради работата на бащата семейството трябвало да се мести често. Едва когато известната певица навършва 6 години, майка ѝ успява да избяга и да се премести с двете си дъщери, Кристина и по-малката Рейчъл, и да изгради нов живот в различен град. Кристина твърди, че е използвала музиката като форма на бягство от проблемния си живот у дома.