Бонъм Картър се запознава с режисьора Тим Бъртън на снимачната площадка на „Планетата на маймуните“ от 2001 г. След като се женят същата година, те продължават да си сътрудничат по няколко филма, включително „Чарли и шоколадовата фабрика“, „Суини Тод“ и „Алиса в страната на чудесата“. Двойката има син Били и дъщеря Нел, но се раздели през 2014 г.
„Може да е по-лесно да работим заедно, без да сме двойка. Той винаги ме избираше с голям срам“, призна Хелена през 2016 г.