Третият най-голям остров в света граничи с Южнокитайско и Яванско море, както и моретата Сулу и Сулавеси. На острова се простират гъсти тропически гори, в които живеят над 15 000 известни на човечеството видове растения и животни, което го прави едно от местата в света с най-голямо биоразнообразие. Заради интензивната сеч в момента, само половината територия на Борнео все още е покрита с гори.