Омъжена за певеца Бен Гибард, Зоуи Дешанел е категорична, че в обозримо бъдеще няма да има деца. В едно интервю актрисата заявява: "Майчинството никога не е било приоритетна цел за мен. Харесва ми да гледам деца, харесва ми да играя с племенниците си например, но много повече обичам работата си, така че съм изцяло съсредоточена върху нея."
След като през 2015 г. Зоуи се разведе с Бен и се омъжи за Джейкъб Печеник, стана ясно, че тя до сега е нямала деца, заради първия си съпруг. Само 11 месеца след като започва връзка с филмовия продуцент, актрисата ражда дъщеря, Елси, а през 2017 г. става майка за втори път.
В едно от интервютата Зоуи, която след 2015 г. започва да се появява много по-рядко във филми, споделя, че целите в живота ѝ са се променили коренно.
"Сега семейството ми е на първо място за мен. Знаете ли, аз дори избирам проектите така, че графикът да ми позволява да прекарвам колкото се може повече време с децата. Например, не се съгласявам на дълги командировки или на продължителни снимки в друга държава", признава тя.