Освен постоянни и временни изложни, програмата на "Музейко" предвижда тематични дни - Ден на формите, Ден на енергията, Ден на пътешествието, Ден на организациите и Ден на игрите. Тематичните дни са създадени за училищни групи и са съобразени с преподавания в училище материал от 1-ви до 4-ти клас. Разработени съвместно с международна система за ускорено учене, те поставят детето в центъра на събитията и включват три нива на общуване със заобикалящия свят – детето и природата, детето и цивилизацията, детето и космоса. Всички дейности в тематичните маршрути са насочени към формиране на рационална увереност, задълбочаване на емоционалната интелигентност и разгръщане на творческите способности.