През 2000 г. Анистън се омъжва за колегата си Брад Пит. Двойката веднага става любимка на хората и пресата, които следят какво правят, къде ходят и особено кога ще имат деца. Но всъщност това никога не е било приоритет за тях. Бракът приключва през 2005 г. и скоро след това Брад Пит официализира връзката си с Анджелина Джоли. Дженифър минава през много неприятни моменти, тъй като слуховете за връзка между Брад и Анджелина по време на снимките на техния съвместен филм не само са упорити, но и впоследствие се оказват верни.