Дженифър има 3 деца от бившия си съпруг Бен Афлек: две дъщери Вайълет и Серафина и син Самюъл. Актрисата не планира повече деца. На въпроса на един от феновете й, зададен в социалните мрежи дали е бременна, Гарднър отговаря, че не планира друга бременност. Тя е щастлива, заобиколена е от децата си и обича семейството си.