След романса с Ема Томпсън, Хю Лори има връзки, но никоя от тях не се задълбочава особено. Актьорът е представен на бъдещата си съпруга Джо Грийн от общ познат през 80-те години. По това време тя работи като администратор в театър. Двамата веднага започват да излизат и въпреки че не се женят, Джо забременява през 1988 г. и ражда първото им дете, Чарлз. През 1989 г. двойката решава все пак да се ожени. Кумът е, разбира се, Стивън Фрай. През 1991 г. двойката се сдобива и с втория си син Уилям, а през 1992 г. се ражда дългоочакваната им дъщеря Ребека.
И трите деца следват в някаква степен стъпките на баща си, появявайки се в епизодични роли. Чарлз, докато е още бебе, се появява в епизод на „A Bit of Fry & Laurie“, Ребека участва във филма „Воля“, а Уилям има малка роля в ситкома „Fortysomething“.