През тези ранни години Филип се концентрира върху военната си кариера и служи като командир на кораб на Кралския флот. Двойката живее в Малта от 1949 до 1951 г., където Елизабет е на първо място съпруга на офицер и след това принцеса. Това безгрижно съществуване приключва с неочакваната смърт на бащата на Елизабет през 1952 г., само пет години след сватбата на Елизабет и Филип.