Килиън Мърфи е женен за талантливата Ивон Макгинес, която е ирландски визуален артист, който работи в различни контексти, включително видео инсталация и печат.

Тя е постигнала забележителни успехи, включително със създаването на няколко късометражни филма. Двойката е женена от 2004 г. и отглежда двама сина - Малачи (16 г.) и Аран (14 г.).