Трудно е да се каже със сигурност дали Кидман поддържа връзка с децата си. Известно е, че и Изабела, и Конър са избрали да останат с баща си след развода през 2001 г., а Кидман се е върнала в родината си Австралия.
Сам Доминго, бивш член на Църквата на сциентолозите, твърди, че децата на Том Круз са били настроени срещу майка си, защото тя вече не е свързана с тяхната вяра и обяснява: „Знам какви техники са използвали... Знам какво правеше командирът по това време, Марти Ратбун, той беше толкова строг с тях, че децата на Круз нямаха избор. След развода те бяха индоктринирани в сциентологията и много изолирани.“
Представителите на църквата отричат тези твърдения.