„Илай“ ви кани в смразяващия свят на малко момче, борещо се с рядко автоимунно заболяване, което го принуждава да живее в изолация, обвито в защитен костюм, наподобяващ този на астронавт. Илай (изигран от завладяващия Чарли Шотуел) обитава стерилен балон, неспособен да изживее света отвъд границите на своята пластмасова камера. Отчаяните му родители, Роуз (Кели Райли) и Пол (Макс Мартини), търсят лек за състоянието на Илай и се обръщат към лекар.

Изабела Хорн (Лили Тейлър) е мистериозна лекарка управляваща уединено медицинско заведение. Надеждата затрептява, когато Илай е приет и се подлага на нетрадиционните методи на лечение на д-р Хорн. Но когато момчето започва да изпитва странни странични ефекти и да има обезпокоителни видения, балонът му започва да се пропуква, разкривайки тъмнината, която дебне под повърхността.