Първата жена, на която актьорът предлага брак, е неговото гадже от гимназията. Двамата остават заедно 7 години. След първия си развод Шон се жени още 3 пъти. Всеки път съпругите му а актриси - Мелани Хил, Абигейл Крутенден и Джорджина Сътклиф. През 2017 г. звездата от „Игра на тронове“ се ожени за Ашли Мур. Двамата се запознават съвсем случайно в бар, като по-късно Шон споделя в интервю: „Не планирах да се оженя отново. Но не съм и очаквал да срещна някой толкова прекрасен като Ашли. Нямам търпение да прекараме живота си заедно.“