През 1998 г. Тифани Хокинс отправила обвинения срещу певеца, заявявайки, че е имала връзка с него, когато е била на 15 години. Тя посочила, че Кели се е опитал да я убеди да прави групов секс с него и други непълнолетни момичета. Тифани го осъдила, като поискала 10 милиона долара компенсация за морални щети. Няколко години по-късно тя получила половината от исканата сума и оттеглила обвиненията.

През 2001 г. друго момиче завело дело срещу Ар Кели: стажантка, която работела в лейбъла Epic Records. Тя признала, че когато била на 17 години, рапърът я е принуждавал да прави секс и е „контролирал личния ѝ живот“. През 2002 г. и двата случая били затворени: представителите на музиканта успели да уредят всички проблеми извън съда.

След това в живота на Ар Кели започнал спокоен период в продължение на 15 дълги години. Продължил да записва парчета, да работи с известни музиканти (Селин Дион, Джей Зи, Марая Кери, 50 Cent, Ъшър, Лейди Гага), получил „Грами“ и други престижни награди, а след това движението #MeToo избухнало в САЩ. През 2017 г. Buzzfeed публикували ново разследване и обвинили продуцента в създаването на истинска секс империя и секс култ. В статията се твърди, че Кели се обграждал с непълнолетни момичета, които му се доверявали, като контролирал живота и социалните им кръгове, решавал какво да носят, кога да се къпят, да ходят до тоалетна и да си лягат. Тези думи били потвърдени не само от роднините на жертвите (те настоявали, че момичетата са били с „промити мозъци“), но и от някои от приятелите на Ар Кели, които са били наясно с аферите му. Не се стигнало обаче до съд, така че не е имало истинско разследване. Това обаче не означава, че всички жертви на продуцента са мълчали. Момиче на име Джеронда Джонсън признала, че Ар Кели я е принуждавал да прави секс, когато е била на 16 години. Друга предполагаема жертва, Кити Джоунс, описала как музикантът я е малтретирал, принуждавайки я да прави секс с други жени. Според официалната версия на следствието негови подчинени са търсили момичета за сексуални удоволствия на артиста. Музикантът ги убеждавал да правят секс против волята им, като в някои случаи снимал случващото се.

В материалите на разследването се появили и други имена на момичета - според вътрешни хора някои от тях са забременяли от него. Ар Кели ги принуждавал да направят аборт и успял да избегне съдебни спорове, защото плащал на всяка от тях огромни суми за мълчанието им. През 2002 г. избухнал голям скандал, след като в мрежата изтекло видео, на което артистът уринира върху момиче. В същото време певецът бил обвинен в разпространение на детска порнография. Тогава полицията дори успяла да получи доказателства, но адвокатите на Ар Кели доказали, че служителите на реда са влезли незаконно в къщата на звездата, така че снимките и видеоклиповете не били приети в съда.