Първата съпруга на Брандо е колежката му актриса Анна Кашфи, с която е от 1957 до 1959 г. Звездата от „Трамвай желание“ след това се жени за актрисата Мовита Кастанеда през 1960 г. – бракът им е анулиран през 1968 г., след като се разбра, че не се е развела законно с първия си съпруг Джак Дойл. Неговата трета и последна съпруга е актрисата Тарита Терипая, за която е женен от 1962 до 1972 г. Той почина повече от 30 години по-късно, през 2004 г.