Година след като са започнали връзката си, през 1999 г., Джони и Ванеса се сдобиват с първата си дъщеричка, Лили-Роуз, а синът им Джак е роден през 2002 г. Въпреки това двамата така и не сключват брак, като Джони обяснява, че просто никога не са усетили нуждата от брачен документ, защото връзката им била по-силна от това. През 2012 г. Джони обяви раздялата им пред сп. „Rolling Stone“. Въпреки че явно последните няколко години от връзката им са били по-трудни, актьорът обясни, че раздялата е била цивилизована заради доброто на децата им. През 2020 г. Ванеса пусна изявление, защитавайки бившия си партньор във връзка с делото му за клевета срещу The Sun. Тя нарече Джони „мил, внимателен, щедър и ненасилствен човек и баща“.