Мат Деймън е следващият актьор, който излиза с Уинона в края на 1997 г. Запознава ги Гуинет Полтроу, която по това време пък излиза с Бен Афлек. Райдър се появява с Деймън на Златните глобуси през 2000 г., когато той е номиниран за ролята в „Талантливия г-н Рипли“, където си партнира с Гуинет.
Двойката се разделя по-късно същата година, но Уинона винаги е казвала хубави неща за бившия си. „Мат не би могъл да бъде по-велик, по-хубав човек“, каза тя пред списание Blackbook през 2009 г. „Наистина съм щастливка, че съм в добри отношения с него.“ В следващите години слухове свързват романтично актрисата с няколко рок музиканти: Бек Дейвид Хансен, Пит Йорн, Пейдж Хамилтън и Блейк Сенет.